Для добавления сайта в базовую конфигурацию нужно открыть список "Сайт" и по кнопке "+" добавить объект:
На странице Сайт заполните название сайта, выберите протокол, по которому будет запускать сайт, заполните домен, укажите тип разновидностей сайта, показать в списке.
После сохранения сайта в конфигурацию настроек добавятся Настройки сайтов.