В МОМ → Настройки сайта → Общие настройки есть поле Часовой пояс:

Задание часового пояса в этом поле не связано с расчетом времени автоматической аннуляции, а касается отображения рассчитанного времени автоматической отмены билетов на сайте и в письме.  

Если в профиле организации/места работы пользователя на странице Прочие параметры не заполнено значение Часовая зона, то брать значение часовой зоны  из Общих настроек сайта.