В МОМ → Настройки сайта → Общие настройки есть поле Часовой пояс:

Задание часового пояса в этом поле не связано с расчетом времени автоматической аннуляции, а касается отображения рассчитанного времени автоматической отмены билетов на сайте и в письме.  

Если в профиле организации/места работы пользователя на странице Прочие параметры не заполнено значение Часовая зона, то брать значение часовой зоны  из Общих настроек сайта.

Пример:

Рассчиталось время автоматической отмены авиабилета 15.04.2023 17:03 по Москве, а работающее на сайте субагентство находится в Екатеринбурге.

Если в профиле этого субагентства установлен его часовой пояс

то в МОМ головное агентство будет видеть 17:03, а на сайте для этого субагента и в его письмах будет время автоматической отмены авиабилета будет установлено местное время 19:03.